胆固醇结石差异lncRNA表达基因的分析及其功能研究

作者：钱昌林; 沈志勇; 张捷; 邱伟箐; 刘骅^*

来源：中国普外基础与临床杂志, 2019, 26(06): 654-661.

• 胆固醇结石
• 长链非编码RNA
• 基因本体分析
• 京都基因与基因组百科全书分析

目的探索胆固醇结石形成相关的差异表达lncRNA基因,并通过生物信息学方法分析差异lncRNA基因的生物学功能。方法将24只C57BL/6小鼠随机分为胆固醇结石组16只和空白对照组8只。胆固醇结石组小鼠饲喂致石饲料5周,空白对照组饲喂常规饲料。5周后,将胆固醇结石组小鼠随机分为模型对照组8只和熊去氧胆酸组8只。之后空白对照组饲喂常规饲料,模型对照组饲喂致石饲料,熊去氧胆酸组饲喂致石饲料并给予熊去氧胆酸灌胃。2周后处死小鼠,收集3组小鼠的肝脏组织及胆汁样本,观察胆囊大体样本并对小鼠胆汁进行脂质分析。同时对3组小鼠的肝脏组织进行lnc RNA表达谱测定,并分析差异表达基因,包括Cis-/Trans-靶基因的基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)Pathway分析。结果 16只胆固醇成石小鼠模型构建成功。模型对照组、熊脱氧胆酸组及空白对照组胆囊胆汁总胆固醇含量的差异有统计学意义(P<0.05),模型对照组较空白对照组和熊脱氧胆酸组明显升高(P<0.05),但熊脱氧胆酸组与空白对照组比较差异无统计学意义(P=0.59);而3组的胆囊胆汁总胆汁酸、总胆红素及直接胆红素水平比较差异均无统计学意义(P>0.05)。3组小鼠肝脏组织的差异lncRNA基因分析结果显示,模型对照组与熊脱氧胆酸组共有49种差异lncRNA基因。将差异基因分别进行GO和KEGG pathway分析后发现,模型对照组与空白对照组的差异基因富集得到88个GO term和18条pathway,熊脱氧胆酸组与空白组的差异基因富集得到205个GO term和20条pathway。结论熊脱氧胆酸对胆囊结石有治疗作用;差异表达lncRNA基因在胆固醇结石形成及熊脱氧胆酸的预防结石形成中起到重要调控作用,为进一步探讨lncRNA的具体调控机制奠定了基础。

• 单位
  上海交通大学医学院附属仁济医院