高校预算绩效管理内部控制建设存在着没有厘清预算绩效管理与内部控制之间的关系、管理机构不健全、预算绩效考核尚未建立完善的反馈机制等问题,存在这些问题的原因有预算绩效管理和风险管理认识不到位、预算编制和预算执行缺乏约束、预算绩效目标执行过程中监控不到位等,必须提升高校预算绩效管理内部控制意识、加强高校预算管理内部控制体系建设和预算管理信息化建设,以及细化高校预算管理绩效评价指标体系。