大肠埃希氏菌噬菌体Bp38全基因组测序及生物信息学分析

作者：史玉青; 赵尊福; 阳亭亭; 文永平; 张焕容^*

来源：动物医学进展, 2022, 43(06): 22-26.

DOI：10.16437/j.cnki.1007-5038.2022.06.019

• 大肠埃希氏菌噬菌体
• 基因组
• 末端酶大亚基
• 生物信息学分析

为了解命名为Bp38的裂解性大肠埃希氏菌噬菌体的遗传背景及基因功能，对其进行全基因组测序和拼接，并采用EditSeq、tRNAscan-SE、tRNAdb、ORF finder、SnapGene、MEGA和Datamonkey等软件对其基因组的基本特性、功能基因预测及注释、遗传进化关系及溶菌酶基因的选择压力进行生物信息学分析。结果表明，噬菌体Bp38基因组全长170 004 bp,核酸类型为dsDNA,平均G+C含量为37.60%,有140个功能基因，根据预测的功能可将其分为裂解模块、DNA包装模块、结构组成模块、假性蛋白模块和核酸复制与调控模块，有2个tRNA,分别转运精氨酸(Arg)和蛋氨酸(Met);以末端酶大亚基核酸序列构建系统进化树，分析出Bp38为有尾噬菌体目、肌尾噬菌体科、Tevenvirinae亚科、Mosigvirus属；Bp38溶菌酶基因的选择压力分析结果显示，其共有173个氨基酸位点，其中有2个正向选择位点、10个负向选择位点，分析后可知其溶菌酶基因既受外界环境选择压力的影响，又受自身进化压力的影响，且自身进化压力强于外界环境选择压力。研究结果阐明了大肠埃希氏菌噬菌体Bp38的分子特征，为进一步利用该噬菌体提供了理论依据。

• 单位
  西南民族大学