绵羊肺腺瘤病毒Gag蛋白的生物信息学分析及抗原表位预测

作者：王宇; 李建云; 武健; 刘淑英^*

来源：中国病原生物学杂志, 2021, 16(05): 502-506.

DOI：10.13350/j.cjpb.210502

• 绵羊肺腺瘤病
• 绵羊肺腺瘤病毒
• Gag蛋白
• 抗原表位
• 生物信息学

目的探讨绵羊肺腺瘤病毒(jaagsiekte sheep retrovirus,JSRV)Gag蛋白的组成结构及生物学功能。方法从NCBI数据库中获取JSRV的gag基因序列及其编码蛋白的氨基酸序列,利用ExPASy,ProtScale,Signal 5.0,TMHMM Server,NetPhos Server,NetNGlyc,SOPMA,Prediction,Swiss-Model和DNAStar等生物信息学软件分析Gag的氨基酸序列组成、理化性质、亲疏水性、信号肽、跨膜区、磷酸化位点、糖基化位点、蛋白功能区域、二、三级结构和B、T细胞抗原表位等。结果 Gag蛋白是由611个氨基酸构成富含脯氨酸的亲水蛋白,分子式为C3024H4708N834O898S27,相对分子质量为67.981×103,理论等电点为7.14;二级结构以无规则卷曲居多,占48.77%;无信号肽且无跨膜区,存在33个磷酸化位点,1个糖基化位点,含有2个超级家族保守结构域和1个锌指结构。预测该蛋白含有17个B细胞优势抗原表位和25个优势CTL表位。结论生物信息学分析JSRV Gag蛋白属于亲水蛋白,含有多个抗原表位,可能具有免疫原性,可作为潜在抗原用于诊断方法的建立与疫苗的研制。

• 单位
  内蒙古农业大学; 内蒙古自治区综合疾病预防控制中心