基于Illumina平台转录组测序筛选牛卵泡发育调控基因

作者：郝庆玲; 景炅婕; 朱芷葳; 吕丽华^*; 李鹏飞^*

来源：湖南农业大学学报(自然科学版), 2019, 45(01): 60-67.

DOI：10.13331/j.cnki.jhau.2019.01.011

• 牛
• 卵泡
• 颗粒细胞
• 转录组
• 调控基因

运用超声波监测技术,采集母牛发情期出现偏差前的第一大卵泡PDF1和出现偏差后的第二大卵泡ODF2,分别分离卵泡颗粒细胞(GCs),构建RNA文库,用Illumina2000测序;测序结果经数据库搜索和差异表达筛选,采用DAVID软件GO和KEGG pathway分析,经Genecards功能查询,筛选牛卵泡发育相关基因。结果表明:数据库搜索共获得35 325个基因,其中有意义的表达基因15 645个,从中筛选获得差异表达基因608个;GO分析表明,608个差异表达基因中参与生物过程的基因占60.46%,细胞组分的基因占20.08%,分子功能的基因占11.46%;KEGG pathway分析表明,608个差异表达基因通过9条信号通路参与牛卵泡发育调控(P<0.05),经Genecards功能筛选,共获得11个与牛卵泡发育密切相关的调控基因——SESN3、COL3A1、CCNE1、CAV1、CACNA1H、ITPR1、PIK3R3、MYC、PTGFR、CDK6、GAPDH,它们直接参与细胞增殖分化及信号通路调节。

• 单位
  山西农业大学; 生命科学学院; 动物科技学院