基于SNP分子标记的221份荔枝品种(品系)的遗传多样性分析及核心种质库构建

作者：黄小凤; 韦阳连^*; 袁叶; 余金昌; 袁志永; 王伟山

来源：植物资源与环境学报, 2022, 31(04): 74-84.

• 荔枝
• 品种(品系)
• SNP分子标记
• 遗传多样性
• 遗传结构
• 核心种质库

以221份荔枝(Litchi chinensis Sonn.)品种(品系)为研究样本，采用SNP分子标记对供试样本的遗传多样性和遗传结构进行分析，在此基础上构建荔枝核心种质库并进行验证和评价。结果表明：19对SNP引物的观测等位基因数均为2,有效等位基因数为1.1～2.0,Shannon’s信息指数为0.236～0.692,观测杂合度为0.081～0.561,期望杂合度为0.119～0.499,多态性信息含量为0.112～0.374;根据果实成熟期，供试样本分为晚熟、中熟、早熟和特早熟4个品种(品系)群体，其中，早熟品种(品系)群体的遗传多样性最高，晚熟品种(品系)群体的遗传多样性最低。供试样本个体间的遗传变异贡献率为85%,群体间和群体内的遗传变异贡献率分别为10%和5%;不同群体间的果实成熟时间相差越大，其遗传分化系数和遗传距离越大，其中，晚熟品种(品系)群体与中熟、早熟和特早熟品种(品系)群体间的遗传距离依次增大，遗传距离分别为0.014、0.091和0.352。遗传结构分析和聚类分析结果基本一致，通过遗传结构分析，供试样本被分为2组，a组包含181份样本，主要为中熟和晚熟品种(品系)以及极少量的早熟品种(品系);b组包含40份样本，包括所有特早熟品种(品系)、大部分早熟品种(品系)、少部分中熟品种(品系)及极少部分晚熟品种(品系);a组和b组的绝大部分样本分别对应聚类分析的Ⅲ组及Ⅰ组和Ⅱ组。综合分析结果表明：供试荔枝品种(品系)的遗传多样性水平较高，且遗传变异主要发生在个体间；群体间的遗传分化系数和遗传距离均与果实成熟期相关。按照不同取样比例构建核心种质库，以20%取样比例构建的核心种质库[包含44份品种(品系)]的观测等位基因数、有效等位基因数、Shannon’s信息指数、观测杂合度、期望杂合度的保留率最高，分别为100%、100%、106%、103%和107%;经检验，构建的核心种质库能充分体现原有品种(品系)的遗传多样性，较全面地保留供试荔枝品种(品系)的相关信息。

• 单位
  东莞植物园