怀菊转录组中SSR位点信息分析

作者：邢冰; 董诚明^*; 魏硕; 李曼; 李询

来源：江苏农业科学, 2020, 48(11): 57-60.

DOI：10.15889/j.issn.1002-1302.2020.11.011

• 怀菊
• SSR
• 位点信息
• 转录组

以转录组测序数据为基础,利用MISA软件对简单重复序列(simple sequence repeat,简称SSR)进行检测及分析,分析怀菊转录组中的SSR位点信息,并设计SSR引物,为后期SSR标记的开发和物种遗传多样性检测等提供参考。结果表明,共检测到8 553个SSR位点,它们分布在7 369条Unigene中,出现频率为2.83%,SSR位点的发生频率为2.44%;其中单核苷酸重复基序最多、其次为三核苷酸重复基序。怀菊转录组基序长度主要集中于12～19 bp,多具有中等多态性。对SSR序列设计引物,共得到25 662对引物可供今后使用。总之,怀菊SSR位点类型丰富,具有良好的多态性潜力及可开发性。

• 单位
  四川大学; 河南中医药大学