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摘要
本研究旨在表征奶牛乳腺上皮细胞的转录组特性，为基于乳腺上皮细胞的功能基因组学研究提供参考依据。体外培养奶牛乳腺上皮细胞系（MAC-T），用Nanopre Direct RNA Sequencing(DRS)技术进行了三代转录组测序分析，结合生物信息手段分析转录表达、RNA甲基化修饰和选择性剪切等生物学特征。结果发现，在乳腺上皮细胞中共组装到55 140个转录本，其中已知转录本51 379个，新发现的转录本3 761个。多聚腺苷酸A [poly(A)]分析显示，转录本的表达量与poly(A)尾巴长度呈显著负相关（P<0.0001）。在MEC1和MEC3样本中分别检测到6 853个和6 343个剪切事件，其中剪切事件发生次数最多的前3位是SE、A5和A3。RNA甲基化修饰检测发现，乳腺上皮细胞中m5C位点数高于m6A位点数，其中这些修饰位点主要分布于CDS区域，其次是5’UTR和3’UTR。本研究表征了乳腺上皮细胞转录本、ploy(A)尾巴长度、可变剪切和RNA甲基化修饰等生物学特性，将为乳腺上皮细胞模型的功能基因组学研究提供有效支撑。
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单位医药学院; 广西壮族自治区水牛研究所; 河南牧业经济学院; 河南省农业科学院
