PCR扩增产物磁珠纯化法应用于HLA测序分型的研究

作者：王大明; 何柳媚; 徐筠娉; 高素青; 邓志辉

来源：国际输血及血液学杂志, 2011, 34(4): 292-294.

DOI：10.3760/cma.j.issn.1673-419X.2011.04.002

• HLA
• 测序分型
• PCR产物纯化

目的 探讨PCR扩增产物磁珠纯化法应用于HLA测序分型的可能性.方法 采用本实验室建立的HLA-C基因测序分型方法 中的PCR扩增、测序反应和测序纯化等步骤,对96份标本特异性扩增HLA-C基因外显子1～4目的 序列片段约为2 000 bp,扩增产物分别采用OMEGA公司(瑞士)磁珠纯化法及USB公司(美国)的外切酶I和虾碱性磷酸酶的混合物和Atria HLA-C SBT plus试剂盒配套使用的外切酶I和虾碱性磷酸酶的混合物进行纯化和平行对照,经HLA-C基因第2、3和4外显子双向测序反应,纯化后的测序反应产物采用ABI 3730测序仪电泳检测,Assign 3.5.1.45分析软件判定结果,统计可判定受检者HLA基因型的样本的总数,并计算BCS(base calling score)平均值.结果 经磁珠纯化法纯化PCR扩增产物测序反应后得到的序列质量BCS平均值为81.191±3.539;Atria ExoSAP-IT纯化后测序反应所获得序列BCS平均值为79.946±3.778,USB外切酶I和虾碱性磷酸酶的混合物测序反应所获得序列BCS平均值为70.384±5.778.上述纯化方法 的碱基A,G,C和T的峰高均在1 000以上;平均每人份10μL扩增产物的纯化成本,磁珠法明显比外切酶I和虾碱性磷酸酶的混合物法便宜很多.结论 磁珠纯化试剂成本低、无需冷冻保存,HLA测序分型中序列质量效果较好,具有良好的实用价值.

• 单位
  深圳市血液中心