虽然明清资本主义萌芽研究和西方现代史学都使用了资本主义一词,但双方并无相同的理论背景。资本主义作为一个成熟的学科概念是由19世纪末20世纪初的历史学家和强调历史面向的政治经济学家(可简称为"德国历史学派")一起创造出来的,强调从历史而不是从抽象的理论中寻求社会变化的原因。资本主义萌芽这一概念的启用,实际上是对欧洲近代历史的严重误读。有鉴于此,在今后的中国历史研究中应该用资本主义来取代资本主义萌芽,回归本来的经典史学的传统。