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摘要
目的:利用TCGA数据库筛选和分析膀胱癌肿瘤抑制基因CDKN1A的突变特征,筛选具有肿瘤新抗原特征的CDKN1A抗原突变肽并分析其在人群中的免疫反应性。方法:利用TCGA公共数据库中413例膀胱癌全外显子测序数据,根据亲和力预测和基因表达量,筛选出人类白细胞抗原(HLA)-A2限制的CDKN1A突变型肽段与野生型肽段。利用T2细胞实验检测配对肽段的结合力。采用酶联免疫斑点试验检测HLA-A2基因型膀胱癌患者外周血单个核细胞对配对抗原肽的免疫反应。结果:根据预测的突变型肽段高亲和力而野生型肽段低亲和力的原则,筛选获得HLA-A2限制性野生型和突变型抗原肽段。体外T2亲和力结合实验结果显示,来自CDKN1A基因编码的突变型肽段亲和力(Kd=3.724 mg/ml)显著高于野生型肽段。40例HLA-A2阳性膀胱癌患者突变型肽段刺激产生的抗原肽特异性IFN-γ平均点数明显高于野生型(P=0.045),同时突变型肽段在40例患者中的阳性反应率达到25%(10/40)。结论:利用TCGA数据筛选获得膀胱癌抑癌基因CDKN1A的突变型肽段能够在膀胱癌患者中诱导高于野生型肽段的特异性免疫反应性,具有膀胱癌肿瘤新抗原的免疫学特征,为其应用于膀胱癌的免疫治疗提供了理论依据。
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