肝星状细胞差异表达基因的筛选及生物信息学分析

作者：王丽萍; 董进中; 王志宇^*

来源：浙江医学, 2020, 42(12): 1259-1344.

• 肝星状细胞
• 肝纤维化
• 基因芯片
• 生物信息学

目的对肝星状细胞(HSC)差异表达基因进行筛选及功能分析,为肝纤维化发病机制相关的分子标志物及药物靶点提供理论基础。方法从高通量基因表达(GEO)数据库中选取GSE11954,利用GEO2R进行生物信息学分析,筛选差异表达基因,并利用DAVID对差异表达基因进行基因本体(GO)分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析;通过STRING数据库和Cytos c a p e软件构建差异表达基因对应的蛋白质相互作用网络,利用MCC算法获取具有高度连接性的关键基因。结果对HSC活化组与抑制组数据的差异表达基因进行筛选,共获得1 176个差异表达基因,包括上调基因616个、下调基因560个。差异表达基因主要涉及细胞外基质-受体相互作用,细胞周期、p53信号通路及黏着斑等信号通路,通过蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络和Cytoscape软件筛选出10个具有高度连接性的关键基因,包括有丝分裂检查点丝氨酸/苏氨酸激酶B(BUB1B)、细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDKl)、细胞周期蛋白A2(CCNA2)、有丝分裂阻滞缺陷2样蛋白1(MAD2L1)、细胞周期蛋白B2(CCNB2)、有丝分裂检查点丝氨酸/苏氨酸激酶(BUB1)、细胞分裂周期蛋白8(CDCA8)、Aurora激酶B(AURKB)、Ndc80复合体(NUF2)、驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)。结论 HSC差异表达基因可能主要通过ECM受体相互作用通路、黏着斑信号通路、细胞周期通路、p53信号通路来调控肝纤维化的发生、发展。

• 单位
  宁波市第一医院