花果山国家地质公园构造上属于秦岭褶皱系大别—苏胶褶皱带的苏北—胶南背斜的一翼。园区内地质遗迹丰富,新构造运动形成的断裂构造、地质历史时期的海水侵蚀、活跃的水体资源与地形地貌的耦合形成了园区独特的以山体、洞穴、奇石、地质构造、海蚀地貌为核心的地质地貌景观,辅以具有深厚文化底蕴的人文景观、海域风情,赋予花果山国家地质公园具有极高的科研、文化、旅游观赏价值。