代谢组学作为系统生物学的一部分，因其具有分析速度快的特点，被广泛用于生物医学等方面的研究。目前代谢组学在环境毒理学方面的研究主要针对单一污染物，但也需要考虑到被污染地的复杂情况。通过介绍代谢组学及其发展历程，总结了目前主流代谢组学技术的各自特点，讨论了代谢组学在环境重金属、有机污染物和抗生素中的毒性评估以及环境胁迫耐受性中的评价等方面内容，综述了其在环境毒理学中的应用，并指出其应用不足，旨在为代谢组学应用于环境毒理学的研究提供参考。
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