十足目甲壳动物的EST-SSR分析

作者：高海钰; 李健^*; 王佳佳; 李吉涛

来源：渔业科学进展, 2019, 40(03): 94-102.

DOI：10.19663/j.issn2095-9869.20171226002

• 十足目
• 甲壳动物
• EST-SSR

本研究应用生物信息学方法,对21种十足目甲壳动物EST-SSR的特点进行了归纳总结和分析。结果显示,不同物种间的EST-SSR丰度存在明显差异,腹胚亚目中脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)的EST-SSR位点最为丰富(868.02个/Mb),拟穴青蟹(Scylla paramamosain)位点丰度最低(286.48个/Mb);枝鳃亚目中斑节对虾(Penaeus monodon) EST-SSR位点最为丰富(641.19个/Mb),白滨对虾(Litopenaeus setiferus)位点丰度最低(166.96个/Mb);腹胚亚目和枝鳃亚目中均是二、三、四核苷酸基元的SSR较为常见,在腹胚亚目中占总数的41.11%,在枝鳃亚目中占总数的28.00%;复合(Ⅰ)类型的SSR在腹胚亚目(51.38%)和枝鳃亚目(65.13%)中占很大比例;腹胚亚目二核苷酸基元的SSR中AC/GT分布频率最高,三核苷酸基元的SSR中ACC/GGT和AAT/ATT占优势;枝鳃亚目二核苷酸基元的SSR中AG/CT占优势,三核苷酸基元的SSR中AAT/ATT的分布频率高于其他三核苷酸基元。此外,对脊尾白虾含有SSR的EST进行GO分析后发现,细胞代谢过程、链接产物、细胞组分和细胞的比例分别在3个类型的注释中占优势。本研究加深了对十足目甲壳动物SSR分布规律的认识,可为甲壳动物EST-SSR标记的开发及实际应用提供参考。

• 单位
  上海海洋大学; 中国水产科学研究院黄海水产研究所