人源microRNA前体的全基因组预测

作者：应晓敏; 朱娟娟; 王小磊; 赵东升; 付汉江; 郑晓飞; 李伍举

来源：中国科学:生命科学 , 2011, (10): 958-964.

• miRNA
• 预测
• 机器学习
• 集成学习 miRNA
• prediction
• machine learning
• ensemble learning

microRNA(miRNA)是一类不编码蛋白的调控小分子RNA,在真核生物中发挥着广泛而重要的调控功能.由于miRNA的表达具有时空特异性,因而通过计算方法预测miRNA而后有针对性的实验验证是miRNA发现的一条重要途径.降低假阳性率是miRNA预测方法面临的重要挑战.本研究采用集成学习方法构建预测miRNA前体的分类器SVMbagging,对训练集、测试集和独立测试集的结果表明,本研究的方法性能稳健、假阳性率低,具有很好的泛化能力,尤其是当阈值取0.9时,特异性高达99.90%,敏感性在26%以上,适合于全基因组预测.采用SVMbagging在人全基因组中预测miRNA前体,当取阈值0....

• 单位
  军事医学科学院放射与辐射医学研究所; 中国人民解放军军事医学科学院; 军事医学科学院基础医学研究所