新冠肺炎疫情对于我国农民工社会保障制度的建设和完善造成一定不利影响。我国农民工社会保障制度亦暴露出二元制的改革还不够彻底、深入,针对性有待进一步加强的现实问题。新冠肺炎疫情背景下完善我国农民工社会保障制度应当以坚持统筹城乡发展、坚持以人为本以及坚持制度的动态、灵活为方向,具体措施包括:一是建立健全社会保障统计与普查机制,积极动员企业、农民工以及社会其他成员积极参与社会保险;二是积极谋划,统筹提高农民工社会保险待遇。