利用58对SSR引物所检测出的158个等位基因位点对44份三系杂交粳稻亲本品种(系)进行遗传相似性分析,44个粳稻品种(系)间遗传相似系数的变异范围为0.54~0.96。采用非加权类平均法进行聚类分析,在相似系数0.71处,可将44个粳稻品种(系)分为4类,绝大多数品种(系)都聚为第四类群,第四类群在遗传相似系数0.75处,又可分为5个亚群,所有的保持系和不育系单独聚为E亚群。