排污权交易合同制度是排污权交易制度体系中的核心问题。排污权交易合同属于民事合同,但又不同于普通民事合同,应将其定性为一种新型的民事合同即环境民事合同。排污权交易合同除在意思自治原则和合同相对性原则上有所突破外,在合同主体、合同客体、合同履行等方面也与其他民事合同有所区别。我国应在《环境保护法》创设排污权交易制度的基础上,完善我国《合同法》的规定,增加环境民事合同的相关规定。同时,改革排污许可证制度,使之与排污权交易合同制度相衔接。