肺鳞状细胞癌预后相关miRNAs及其候选靶基因生物信息学筛选

作者：程远; 张荣花; 侯晓丽; 韩向阳; 卢鸿健; 张青; 刘志勇^*

来源：华北理工大学学报(医学版), 2021, 23(05): 337-346.

DOI：10.19539/j.cnki.2095-2694.2021.05.001

• 肺鳞状细胞癌
• miRNAs
• TCGA
• 预后

目的筛选与肺鳞状细胞癌预后相关的miRNAs及其靶基因的预测。方法采用肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库收集人肺鳞状细胞癌miRNAs表达数据并进行差异表达分析;采用Kaplan-Meier分析差异表达的miRNAs与患者生存率的相关性;单因素方差分析差异表达的miRNAs与淋巴转移的相关性;采用DIANA TOOLS v5.0生物信息网站对筛选出的差异表达的miRNAs进行靶向基因预测、GO和KEGG功能富集分析;通过miRDB、miRwalk、TargetScan和microRNAs.org数据库进一步预测与预后相关性较高的miRNAs的靶基因;利用GEPIA在线工具评估miR-30a-3p候选基因的临床预后意义;候选靶基因与miR-30a-3p的相关性采用Pearson相关性分析。结果按照logFC>2、P<0.05标准筛选出差异表达显著的miRNAs共201个(173个上调、28个下调);其中下调的miR-144-5p、miR-30a-3p及上调的miR-210-3p、miR-9-5p与肺鳞状细胞癌患者生存率相关,且下调的miR-30a-3p与淋巴转移相关(P<0.05);miRDB、miRwalk、TargetScan和microRNAs.org数据库共同筛选出53个miR-30a-3p候选靶基因;高表达的USP38、SLMAP与更差的OS显著相关(P<0.05)。miR-30a-3p与RCN2、C8orf44和NAA25的表达量呈显著负相关(P<0.001)。结论 miR-30a-3p可能通过负调控靶基因USP38、SLMAP、RCN2、C8orf44和NAA25参与肺鳞状细胞癌的发生发展过程,有望作为肺鳞状细胞癌预后相关分子标记物。

• 单位
  华北理工大学; 基础医学院