TGF-β1致MRC-5细胞转分化的差异microRNAs表达分析

作者：杨培琰; 赵阿会; 金路恒; 赵有亮; 于兴浩; 张建会; 翟若南; 郝长付; 姚武^*

来源：中国职业医学, 2019, 46(05): 551-558.

• 成纤维细胞
• 转化生长因子-β1
• MRC-5细胞
• 转分化
• 生物信息学
• 肺纤维化
• 尘肺病

目的探讨转化生长因子-β1(TGF-β1)刺激的人胚肺成纤维细胞株MRC-5细胞基因表达微阵列芯片的差异表达微小RNA(miRNA),筛选成纤维细胞转分化的关键基因和信号通路。方法从美国国立信息中心的高通量基因表达数据库下载TGF-β1刺激MRC-5细胞的miRNA表达芯片数据集GSE43992,采用R语言Limma包进行差异表达miRNAs的筛选,通过miRWalk数据库预测其对应的靶基因,对差异表达的miRNAs和靶基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析,构建蛋白质相互作用(PPI)网络。结果共筛选出5条差异表达的miRNAs,包括4个上调的miRNAs和1个下调的miRNA,并预测出42个对应的差异表达靶基因。GO富集分析结果显示,靶基因主要参与胶原蛋白分解代谢、胞外基质组织、膜组织、胶原纤维组织和细胞对氨基酸刺激的反应等生物学过程;KEGG信号通路分析结果显示,miRNAs和相应靶基因所对应的信号通路主要集中在18条信号通路上,主要与miRNAs在肿瘤方面、糖尿病并发症中的年龄-种族信号通路和蛋白质消化与吸收有关。PPI网络筛选出的3个成纤维细胞向肌成纤维细胞转分化核心基因分别为苏氨酸激酶1、雌激素受体1和β-连环蛋白。结论共筛选出与TGF-β1致MRC-5细胞转分化相关的5个差异表达的miRNAs、42个靶基因、18条信号通路和3个核心基因,可为包括尘肺病及肺纤维化在内的多种疾病的治疗和研究提供新的参考。

• 单位
  郑州大学; 公共卫生学院