玉溪至磨憨铁路经过西双版纳国家级自然保护区,环评过程中调查了亚洲象的分布及其迁移通道,分析了工程建设对亚洲象活动及其迁移廊道的影响,提出线路方案避开亚洲象主要活动区域、地表出露段不涉及亚洲象既有迁移通道、延长隧道、调整隧道斜井位置、以桥代路、设置隔离栅栏和声光屏障及加强管理等保护措施。