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摘要
目的 基于生物信息学挖掘结肠癌预后相关生物标志物。方法 利用基因表达汇编数据库下载结肠癌芯片数据集GSE25070和GSE115313，获取结肠癌组织样本43例、正常结肠组织样本44例，筛选出两个芯片数据集的共同差异基因。构建共同差异基因的蛋白互作网络，采用基因本体论、京都基因和基因组百科全书分析功能和通路。从癌症基因组图谱数据库获取结肠癌组织样本454例，利用R软件对共同差异基因表达水平与结肠癌患者预后的关系作整体分析，筛选出可能的结肠癌预后相关生物标志物。绘制Kaplan-Meier生存曲线比较各个基因高、低表达组患者生存率，采用单因素Cox回归分析结肠癌患者预后的影响因素，以验证结肠癌预后相关生物标志物。结果 筛选得到共同差异基因19个，包括表达上调基因2个、表达下调基因17个；主要存在于肾素分泌和胰腺分泌通路；涉及的生物过程有蛋白质三聚体，细胞成分有细胞外泌体、质膜的整合成分和膜的锚定成分等，分子功能有细胞内钙激活氯离子通道活性、氯离子通道活性。CLCA1、ITLN1和PARM1是结肠癌预后相关生物标志物。结论 CLCA1、ITLN1和PARM1是结肠癌预后相关生物标志物。
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单位武汉市中医医院
