新吉细毛羊和小尾寒羊差异表达miRNAs筛选与调控网络分析

作者：张新玉; **; 杨霞; 付佳棋; 曹阳; 张立春; 孙福亮^*

来源：中国畜牧兽医, 2023, 50(09): 3480-3489.

DOI：10.16431/j.cnki.1671-7236.2023.09.004

• 新吉细毛羊
• 小尾寒羊
• 血浆
• 外泌体
• miRNAs

【目的】筛选新吉细毛羊和小尾寒羊体内差异微小RNAs(microRNAs, miRNAs),研究miRNAs和靶基因对羊毛纤维机制表达的调控模式。【方法】选取两种毛细度存在显著差异的新吉细毛羊(XFWS)和小尾寒羊(SXW),采集血浆中外泌体进行转录组测序，构建文库并鉴定miRNAs,使用edgeR包对miRNAs进行差异表达分析，使用miRanda和Targetscan软件预测miRNAs的靶基因，对靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析，对差异miRNAs靶基因进行miRNAs-mRNA互作调控网络分析，使用实时荧光定量PCR对转录组数据中miRNAs进行验证。【结果】新吉细毛羊和小尾寒羊血浆外泌体中存在1 019个miRNAs,其中已知miRNAs 112个，新预测miRNAs 907个，经筛选存在差异表达miRNAs 364个，其中与羊毛细度呈正相关性基因62个，呈负相关性基因302个。经多数据库比对获得靶基因的注释信息18 996个，GO功能富集分析显示，17 193个注释靶基因富集到6 608个条目中；KEGG通路分析显示其富集在276个通路之中，经蛋白互作分析找到与羊毛纤维机制表达相关miRNAs 5个及靶基因42个。实时荧光定量PCR验证差异miRNAs结果显示，oar-miR-218a、oar-miR-370-3p、oar-miR-133、oar-miR-29a、oar-miR-27a、oar-miR-485-3p、oar-miR-22-3p、oar-miR-23a、oar-miR-148a、oar-miR-412-3p在新吉细毛羊体内表达量均显著高于小尾寒羊(P<0.05),oar-miR-26a、oar-miR-29b、oar-miR-329b-3p、oar-miR-409-3p、oar-miR-30a-3p在小尾寒羊体内表达量均显著高于新吉细毛羊(P<0.05),与转录组测序结果一致。【结论】新吉细毛羊和小尾寒羊体内存在oar-miR-218a、oar-miR-370-3p、oar-miR-133等364个差异miRNAs,其中oar-miR-133、oar-miR-150、oar-miR-127、oar-miR-23a、oar-miR-370-3p与其42个靶基因共同参与羊毛纤维机制表达，FGFR2、NOTCH1、SHH参与多通路调节，在联级调节中起重要作用。

• 单位
  延边大学; 吉林省农业科学院