HIV-1B'亚型毒株感染者Nef蛋白氨基酸序列变异分析

作者：陈燕丽; 胡园园; 郝金娟; 任莉; 邵一鸣; 洪坤学

来源：中国热带医学, 2015, 15(04): 397-401.

DOI：10.13604/j.cnki.46-1064/r.2015.04.004

• HIV-1
• Nef蛋白
• 功能区
• CTL表位

目的分析HIV-1 B’亚型毒株Nef蛋白重要功能区及CTL表位氨基酸序列变异特征。方法从137例HIV-1感染者的血浆样本中提取病毒RNA,进行逆转录获得c DNA,再经巢式PCR扩增全长Nef基因并纯化测序。利用Bio Edit、Mega6.0软件分析所获得的Nef基因重要功能区的氨基酸变异,并比较所获得的Nef基因共享序列与我国B亚型Nef共享序列及国际B亚型Nef共享序列的CTL表位情况。结果 HIV-1 B’亚型毒株Nef蛋白N端豆蔻酰化信号区、蛋白酶加工区、酸性区、Pak结合区、Pxx P区等功能区氨基酸序列较为保守,但有3个功能区中存在变异率大于30%的氨基酸位点,其中长度可变区的21号密码子上的R被E/K/Q取代的变异率达56.21%(R21E 24.09%,R21K 19.71%,R21Q 12.41%),COPI结合区EE154-155的E154被K取代的变异率为32.85%,双亮氨酸基序Exxx LL160-165的S163被C取代率为30.66%。本研究所得的137条Nef蛋白的共享序列的CTL表位与我国HIV-1 B亚型的共享序列CTL表位一致,而与国际B亚型共享序列相比有两个肽段表位的氨基酸发生了变异。结论 HIV-1 B’亚型毒株Nef蛋白多数重要功能区及CTL表位的氨基酸序列较保守,但有3个功能区存在变异率大于30%的氨基酸位点,这种特性可能影响病毒致病作用。

• 单位
  传染病预防控制国家重点实验室; 中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心