2020年云南省曲靖市手足口病病原学监测及基因特征分析

作者：昌思思; 杨溪; 伏晓庆; 姜黎黎; 周晓芳; 寸建萍; 田炳均^*

来源：中华微生物学和免疫学杂志, 2022, 42(02): 148-155.

• 手足口病
• 病原学
• 肠道病毒A组病毒
• 基因特征分析

目的了解2020年云南省曲靖市手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)病原学分布并分析病原体的基因特征。方法采集曲靖市2020年儿童HFMD病例粪便标本, 从便悬液中直接提取病毒RNA, 先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒(enterovirus, EV)VP4区基因并测序, 序列在GenBank进行BLAST搜索确定病毒型别, 再用各型病毒的相关引物扩增病毒VP1区全序并测序, 通过肠道病毒在线定型工具(Enterovirus Genotyping Tool Version 0.1)进行病毒型别鉴定, 按文献下载各病原体VP1区基因型/亚型代表株序列, 用MEGA5.2软件构建基因进化树, 分析各病原体的基因特征。结果 2020年共从460份标本中检测到47株EV, 总阳性检出率为10.22%(47/460)。检出的病毒依次为柯萨奇病毒A4型(coxsackievirus A4, CVA4, 0.65%, 3/460)、CVA6 (7.83%, 36/460)、CVA10(0.87%, 4/460)和CVA16(0.87%, 4/460), 全为A组病毒(enterovirus species A, EVA), 未检测到其他组病毒, 其中CVA6检出36株, 占7.83%, 是检出最多的病毒。EVA71的检出率为零。基因特征分析表明, CVA4的C2、C4两个基因亚型同时在曲靖市流行, CVA6的D3a亚型、CVA16的B1a亚型也在曲靖市流行, 而CVA10单独为一个进化分支, 可能为曲靖市特有。结论与往年全国的情况一样, EVA71和CVA16的检出率少甚至为零, 而CVA6检出率最高, 说明2020年曲靖市发生了以CVA6为主的手足口病流行。CVA10基因进化分析表明, 曲靖市分离株位于单独的进化分支, 可能是曲靖市特有的分支。今后应加强非EVA71和非CVA16尤其是CVA6和CVA10等病毒的实验室和分子流行病学监测。

• 单位
  昆明市疾病预防控制中心; 云南省疾病预防控制中心