科研之友
微信
新浪微博
Facebook
分享链接
摘要
目的构建基于16S rRNA和gyrB基因对施万菌(Shewanella)进行种水平鉴定的方法,比较2个基因的鉴定能力差异。方法利用DnaSP 6.0软件对施万菌16S rRNA和gyrB基因的信息位点数及其百分比、核苷酸多态性值、平均G+C含量、非同义突变率与同义突变率的比值(Ka/Ks)、Tajima检验进行基因多态性分析。用MEGA 6.06软件的邻接距离矩阵法对90株测试菌株和54株模式菌株构建16S rRNA和gyrB基因的进化树。用MEGA 6.06软件的Kimura’s 2-parameter模型,确定90株测试菌株的菌种后,计算16S rRNA和gyrB基因的遗传距离和序列相似性。比较两者对施万菌种水平鉴定能力差异。结果 16S r RNA和gyr B基因序列相似性平均值分别为95.0%、80.8%。在16S r RNA基因进化树中,S. marinintestina和S. sairae、S. livingstonensis和S. vesiculosa的进化分支几乎完全相同,gyrB基因则能在种水平将所有菌株区分开。16S rRNA基因的种内和种间相似性范围小。结论与16S rRNA基因相比,gyrB基因能够更准确的用于施万菌的种水平鉴定。
- 单位
