猪TRIM3基因克隆、生物信息学及组织表达分析

作者：张航; 沙惠阳; 李华玮; 黄良宗^*; 赵孟孟^*

来源：中国畜牧兽医, 2022, 49(07): 2474-2483.

DOI：10.16431/j.cnki.1671-7236.2022.07.005

• 大白猪
• TRIM3基因
• 克隆
• 表达分析

【目的】克隆大白猪三基序结合蛋白3(tripartite motif-containing 3,TRIM3)基因，并对其进行生物信息学和组织表达分析。【方法】采用PCR技术扩增并克隆大白猪TRIM3基因CDS全长序列，连接pMD18-T载体并转化大肠杆菌DH5α感受态细胞，通过蓝白斑筛选阳性克隆，菌液PCR鉴定后测序，与不同物种TRIM3基因序列比对并构建系统进化树；应用多种在线软件对其编码蛋白进行生物信息学分析，并利用实时荧光定量PCR方法检测TRIM3基因在大白猪不同组织中的相对表达量。【结果】大白猪TRIM3基因CDS序列全长2 235 bp,编码744个氨基酸。相似性和遗传进化分析结果显示，大白猪与野猪的相似性最高，达99.7%,与鸭的相似性最低，为75.1%;大白猪TRIM3基因与野猪先聚为一类，与牛和山羊亲缘关系较近。生物信息学分析显示，大白猪TRIM3蛋白分子质量为80.58 ku,理论等电点(pI)为8.32,不稳定系数为40.85,为亲水性蛋白，但不是分泌蛋白，无糖基化位点，预测其有60个磷酸化位点，主要存在于细胞质内；在TRIM3蛋白二级结构中以无规则卷曲为主，占41.67%,三级结构模型预测结果与二级结构一致。组织表达分析表明，大白猪TRIM3基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肌肉、气管、结肠中均有分布，肺脏中表达量最多且显著高于其他组织(P<0.05)。【结论】本研究成功克隆大白猪TRIM3基因CDS全长序列，并进行了生物信息学和组织表达分析，为进一步研究大白猪TRIM3蛋白的免疫学功能提供理论依据，对探究大白猪TRIM3基因参与先天性免疫和抗病毒感染分子机制具有重要意义。

• 单位
  河南牧业经济学院; 佛山科学技术学院; 食品与生物工程学院