基于全基因组测序估算结核分枝杆菌分子钟

作者：陶必林; 王钰婷; 李忠奇; 吴继周; 王建明^*

来源：中华流行病学杂志, 2022, 43(09): 1462-1468.

• 结核病
• 分子钟
• 突变率
• 全基因组测序

目的基于全基因组测序数据, 通过内源性激活期间菌株基因组突变分析, 开展结核分枝杆菌(MTB)分子钟研究。方法筛选MTB内源性激活全基因组研究文献, 下载全基因组测序数据, 提取初治-复发配对样本单核苷酸多态性(SNP)差异和菌株分离时间, 运用Poisson回归模型拟合初治-复发时间间隔与差异SNP的关系, 计算MTB分子钟, 估算突变率。结果若MTB传代时间为18 h, 0～2年短期内源性激活突变率为6.47×10-10(95%CI:5.59×10-10～7.44×10-10), 明显高于2～14年长期内源性激活突变率(3.27×10-10, 95%CI:2.88×10-10～3.69×10-10)。0～、1～、2～、3～、5～、7～14年突变率分别为7.10×10-10、6.06×10-10、4.24×10-10、5.34×10-10、2.59×10-10、1.26×10-10。结论内源性激活复发期间, MTB突变率随初治-复发时间间隔增加而下降, 本研究从微观层面验证了临床实践观察到的初治结核病2年内易复发现象。