基于甘蔗热带种(LA-purple)全基因组序列的SSR开发及特征分析

作者：王恒波; 肖乃衍; 朱专为; 刘翠翠; Intikhab ALAM; 陈平华; 卢运海^*

来源：作物学报, 2018, 44(09): 1400-1410.

• 甘蔗
• 基因组
• SSR
• 标记开发
• 多态性

现代甘蔗栽培品种(2n=100130)是由甘蔗热带种(2n=80)与割手密(2n=40128)种间杂交而来,形成异源多倍体、非整倍体作物,使得甘蔗栽培品种中80%90%的染色体来源于热带种。开发热带种基因组SSR分子标记,有助于甘蔗遗传多样性分析、分子标记辅助选择、遗传图谱的构建等。本研究基于热带种LA-purple的全基因组测序数据的255 398个预测基因序列(累计总长为1 029 222 285 bp),利用Perl程序与生物信息学软件结合,发掘SSR位点,获得了153 150个SSR位点,平均每1.67个基因有1个SSR位点,其中二、三核苷酸重复基序分别为39 556个和50 072个,占总SSR位点数的58.5%。在二核苷酸重复基序中,TA/AT所占比例最高,占41.4%,CG/GC所占比例最低,占4.6%;在三核苷酸碱基重复基序中,TGT/ACA所占比例最高,为15.6%。在TA/AT重复类型中选取100个基序重复次数在6090之间的SSR位点,进行引物设计与合成,在12个甘蔗属材料中进行PCR扩增分析,从中筛选出52对具有多态性SSR引物,其中有27对引物在研究的2个甘蔗栽培品种间表现为多态。这些基因组SSR标记的开发,不仅可以用于甘蔗栽培品种DNA指纹图谱分析,而且为甘蔗属不同种的遗传图谱构建、遗传多样性分析和重要性状的遗传机制解析奠定基础,为甘蔗分子育种研究提供重要支撑。

• 单位
  福建农林大学; 农业部