运用因子分析及K-Prototype聚类算法,将陕西民办高校内部治理结构模式聚类为董事会直管下的校长负责制和董事会领导下的校长负责制两类,并利用方差分析做出聚类效果验证,研究发现董事会领导下的校长负责制在师生获得感因子和行政权力因子方面的得分明显高于董事会直管下的校长负责制。最后,从平衡举办者的控制和权力制衡,构建多方运行机制,完善董事会领导下的校长负责制及构建教职工权益保障体系四个方面提出建议。