甜叶菊多倍体变异机制的转录组及SSR分析

作者：杨宇婷; 张强^*

来源：江苏农业科学, 2023, 51(02): 44-50.

DOI：10.15889/j.issn.1002-1302.2023.02.006

• 甜叶菊
• 多倍体
• 转录组
• 简单重复序列(SSR)

采用BGI PE150测序平台，以二倍体甜叶菊及其同源四倍体为材料进行测序。共获得93 742个非重复序列基因(Unigene),平均长度为754,N50达到1 278 nt。共有83 234个Unigene获得注释，其中，注释到基因本体(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)、NR库分别为50 980、28 399、65 371个。对转录组数据差异表达进行分析，筛选得到5 780个差异表达基因(DEGs),其中，上调差异基因数目为1 832个，下调差异基因数目为3 948个。基因本体GO功能分析表明，这些差异基因主要参与细胞生长和代谢过程等相关功能。KEGG通路富集分析表明，二、四倍体代谢水平差异是由基因层次决定的。在对甜叶菊植株加倍过程中的样品进行转录组测序中发现，10 777个简单重复序列(SSR)位点，最多的是二核苷酸，为4 386个，占SSR总数的40.70%。结果表明，四倍体甜叶菊表现出的明显器官增大、光合作用增强与差异基因显著富集在分解代谢、信号转导、碳水化合物代谢、能量代谢和氨基酸代谢等代谢通路相关。

• 单位
  成都中医药大学附属医院