一例罕见G1P[8]-E2基因型轮状病毒重配株全基因序列分析

作者：范佳欣; 王萌璇; 魏宇航; 彭蕊; 熊光萍; 唐晓苹; 李丹地^*

来源：中华实验和临床病毒学杂志, 2023, 37(04).

• A组轮状病毒
• 基因型
• 重配株
• 系统发育分析
• 抗原表位

目的研究我国一例G1P[8]基因型A组轮状病毒(group A rotvirus, RVA)SC18511073的序列特征及进化规律, 分析SC18511073与RotaTeq?和Rotarix?疫苗的抗原表位之间的差异。方法用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)对SC18511073的11个节段进行RT-PCR扩增, 利用在线RVA自动分型工具对其分型, 采用DNAstar5.1和Mega11.0等软件对11个节段进行同源性及遗传进化分析。结果 SC18511073全基因组基因型为G1P[8]-I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E2-H1, NSP4为E2型。VP7和NSP3与同年份四川流行G1P[8]-E1型毒株同源性较高, 系统进化树显示位于同一分支, 其余9个基因节段均与我国流行的G9P[8]-E2型RVA高度同源, 且归属于同一进化分支。SC18511073与RotaTeq?和Rotarix?在VP7的抗原表位中7-1a和7-2区域存在5个氨基酸差异;VP4蛋白裂解后的VP8*抗原表位中8-1、8-3区域存在差异。结论我国2018年RVA毒株SC18511073为罕见的G1P[8]-E2型, 推测是由G1P[8]-E1基因型与G9P[8]-E2基因型RVA毒株共感染过程中VP7和NSP3节段发生重配产生的新型毒株。SC18511073与RotaTeq?和Rotarix?在VP7和VP4上的抗原表位存在较多氨基酸位点差异。

• 单位
  中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所