本发明属于生物化工领域,公开了一种环氧化脂肪酸甲酯的制备方法,包括如下步骤:(1)以酯酶为催化剂,乙酸乙酯作为反应助剂,将脂肪酸甲酯与过氧化氢进行环氧化反应;(2)分离反应产物,回收油相,即获得环氧脂肪酸甲酯。本发明使用的催化工艺条件温和,没有副反应发生;而且,反应产物成分单一,易分离纯化。同时提高了环氧脂肪酸甲酯的得率,降低了环氧脂肪酸甲酯中的游离脂肪酸含量。