福建麻沙砂仁基因组调研及其转录组研究

作者：方聪; 沈冰芳; 张亚敏; 徐小妹; 卢雪花; 李丽莎; 徐榕青; 林文津^*

来源：分子植物育种, 2023, 1-14.

• 砂仁
• 基因组调研
• 转录组
• SSR
• 福建麻沙

为获得山姜基因组结构特征、SSR分子标记开发，本研究采用Illumina高通量测序技术对山姜进行了基因组调研与转录组测序。结果显示，砂仁基因组大小约1.79 Gb，基因组的杂合率约0.40%，重复序列含量约75.67%；山姜转录组测序数据中共获得Unigene 88 542条，对长度≥1kb的Unigene进行SSR位点搜索和分析，共获得9 913个SSR位点。山姜转录组SSR重复碱基类型共有7种，其中单碱基为主要重复类型，占总SSR的61.72%，双碱基和三碱基重复类型仅次于单碱基，各占总SSR的16.38%和16.46%，其余类型均较低，占总SSR的5.44%。将Unigenes与COG、pfam、eggNOG和NR等功能数据库进行比对，共有43 924条Unigenes得到注释，占总数的49.61%。该研究表明，山姜的基因组属于复杂基因组，为下一步开展山姜的分子标记开发、遗传多样性的分析、种质资源评价等奠定了科学基础。

• 单位
  福建省医学科学研究院; 福建中医药大学