免疫算法(IA)是一种新的基于生物免疫系统的寻优算法。虽然以往的免疫算法有许多优良的计算特性,但在DNA多序列比对(MSA)中已知的免疫算法模型仍有许多不足。本文对已有的免疫算法通过加入免疫算子等进行改进,在保证群体的多样性性能的同时,加入了促使群体快速持续收敛的措施,并把它应用到多序列比对中,试验结果证明了此改进算法的可行性。