结直肠癌患者错配修复缺陷相关预后基因的筛选

作者：陶浩冉; 钟攀益; 陈婷娜; 周丽平; 熊斌^*

来源：中华实验外科杂志, 2022, 39(06): 1154-1156.

DOI：10.3760/cma.j.cn421213-20211116-01330

• 结直肠癌
• 错配修复
• RNA测序
• 单细胞测序

目的探索结直肠癌患者中高微卫星不稳定性(MSI-H)相关的关键预后基因。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库纳入377例结直肠癌患者, 筛选MSI-H和错配修复稳定(MSS)患者的差异表达基因(阈值为错误发现率<0.05且倍数差异>2), 并对其进行富集分析(错误发现率<0.05)。利用Pearson相关分析构建基因共表达网络(R>0.4且P<0.05), 并筛选枢纽基因。通过Cox回归进一步筛选出肿瘤组织中高表达的关键预后基因(P<0.05), 采用单细胞测序分析验证关键基因表达及与MSI-H的关系。不同患者组间的基因表达差异采用t检验。结果共筛选出558个MSI-H相关基因, 811个MSS相关基因。富集分析显示MSI-H相关基因主要参与炎症及免疫应答。通过网络分析及Cox回归, 鉴定出3个MSI-H显著相关的预后关键基因, 即GJB5、TNNT1和KRT16。其在结直肠癌肿瘤组织中高表达, 且在转移性患者中对总生存期的风险比分别为1.4(P<0.05), 1.5(P<0.01)和1.7(P<0.01)。在单细胞测序数据中, 同样发现GJB5、TNNT1和KRT16在肿瘤细胞和MSI-H患者细胞中高表达。结论 GJB5、TNNT1、KRT16为MSI-H结直肠癌患者高表达的显著不良预后关键基因。

• 单位
  武汉大学中南医院