甘薯基因组NBS-LRR类抗病家族基因挖掘与分析

作者：黄小芳; 毕楚韵; 石媛媛; 胡韵卓; 周丽香; 梁才晓; 黄碧芳; 许明; 林世强^*; 陈选阳^*

来源：作物学报, 2020, 46(08): 1195-1207.

• 甘薯
• NBS-LRR
• R基因
• 基因家族
• 生物信息学

NBS-LRR类基因家族是植物抗病R基因(Resistance gene)数量最多的一类,具有NBS (Nucleotide-binding site)和LRR (Leucine-leucine-repeat)结构域。甘薯(Ipomoea batatas)栽培种基因组已完成测序,但尚未注释,本研究对甘薯基因组序列进行外显子预测,得到甘薯染色体组全基因组蛋白序列,在此基础上进一步对NBS-LRR家族基因鉴定和分析表明,甘薯基因组中含有379个NBS-LRR家族基因,占全基因组基因总数的0.212%,其中N型亚家族120个,NL型103个, CNL型133个, TNL型22个, PN型1个。所有染色体上均有NBS-LRR家族基因分布,但数量明显不同,其中有60.9%的NBS-LRR基因序列呈簇状分布。NBS-LRR基因序列有15个保守结构域,在N端较为保守。研究结果为甘薯进一步开展NBS-LRR家族基因的功能研究和抗性育种提供了参考。

• 单位
  福建农林大学; 生命科学学院