泛肿瘤基因突变检测高通量测序基因包的开发及临床验证

作者：张晓密; 梁志坤; 方鹏; 陈思远; 周南; 蒋析文

来源：现代肿瘤医学, 2024, 32(04): 623-628.

DOI：10.3969/j.issn.1672-4992.2024.04.006

• 高通量测序
• 基因包
• 泛肿瘤
• 基因突变

目的:本研究旨在开发高通量测序基因包(panel)以实现个性化的泛肿瘤突变基因的检测，同时验证其临床适用性。方法:通过公开数据库选择并设计223个肿瘤相关基因的引物组成panel,并以菁良公司的不同百分比结构变异福尔马林固定石蜡包埋(formalin-fixed paraffin-embedded, FFPE)标准品、野生型标准品、泛肿瘤800标准品、Horizon Discovery公司的游离DNA标准品为样本完成本panel准确性、重复性和检测限的实验室验证，并利用10例组织样本和2例游离DNA样本进行临床验证。结果:在准确性上，本panel阳性和阴性检出符合率达到100%。在重复性上，利用5%结构变异FFPE标准品具有良好的重复性，而游离DNA标准品重复性一般。在最低检测限上，2.5%结构变异FFPE标准品可稳定检出，最低可检出1%结构变异标准品；游离DNA标准品的最低检测限为0.25%。利用本panel检测临床样本表现出与对照方法良好的一致性。结论:成功开发靶向针对223个肿瘤相关基因的高通量测序panel并完成了分析性能和临床适用性验证，该方法具有协助临床诊断与治疗的潜力。