转录组分析鉴定腰椎椎间盘退行性变中潜在免疫相关生物标志物

作者：李志超; 王磊; 薛景才; 王文波; 陈煜; 齐军强; 许鹏^*

来源：脊柱外科杂志, 2023, 21(05): 316-325.

• 腰椎
• 椎间盘退行性变
• 基因表达
• 病因学

目的 通过转录组分析鉴定腰椎椎间盘退行性变（IDD）中潜在的免疫相关生物标志物，寻找IDD免疫相关的关键靶点。方法 从基因表达汇编数据库（GEO）的GSE67567数据集中获得基因表达谱，并筛选差异表达m RNA、长链非编码RNA(lncRNA)和微RNA(miRNA)。使用加权基因共表达网络分析（WGCNA）和基因集富集分析（GSEA）筛选免疫相关模块，并使用Cytoscape构建lncRNA-miRNA-mRNA竞争性内源RNA(ceRNA)网络，通过免疫浸润分析确定相关的免疫细胞，使用Pearson相关分析筛选免疫相关的关键靶点。通过GSEA筛选关键的生物过程和途径。使用GEO的GSE124272数据集验证关键靶基因的表达。结果 WGCNA结果表明，蓝绿色模块与免疫力有关。免疫浸润分析显示，CD4幼稚T细胞可能是关键的免疫细胞。Pearson相关分析表明，4个mRNA(UHMK1、ZFP36L2、ZCCHC3、ZBTB20)和1个lncRNA(LINC00641)可能是IDD免疫相关的关键靶点，建立了一个免疫调节相关的ceRNA网络。GSEA结果显示，LINC00641可能通过TGF-β信号通路调节IDD。验证结果表明，这些关键基因在GSE124272数据集中存在差异表达。结论 mRNA(UHMK1、ZFP36L2、ZCCHC3、ZBTB20)和lncRNA(LINC00641)是IDD免疫相关的关键靶点。

• 单位
  山东中医药大学第二附属医院; 中国人民解放军第二军医大学; 长征医院; 山东中医药大学