随着2008年教育部"26号令"的发布,独立学院的发展进入了5年的过渡期,其中向民办高校"转设"被普遍认为是根本出路。此期独立学院的党建工作也凸显出完全脱离母体高校的直接领导或业务指导后的出路和创新的挑战。独立学院的党建工作要坚持科学发展观,统筹发展,吸取母体高校党建的经验,克服民办高校党建工作的不足,发扬自己的优势,创新思维和工作方法,使工作再上新台阶,从而促进独立学院的跨越式发展。