植物基因转录起始频率分析

作者：张扬; 徐国华; 樊龙江

来源：浙江大学学报(农业与生命科学版), 2006, (2): 119-122.

DOI：10.3321/j.issn:1008-9209.2006.02.002

• 转录位点
• 转录起始频率
• UniGene
• PIFdb
• 水稻
• 拟南芥

利用UniGene数据库转录本序列数据,通过生物信息学方法,对已有全长mRNA序列数据的基因进行其转录本5'端序列的比对,获得该基因编码区前所有转录本的启始位点信息.通过7种植物17437个基因的分析表明,植物基因平均在171 bp(mRNA水平上)或174 bp(基因组水平上)的区间内转录启始,转录频率分布基本呈正态分布.为此我们研发了基因转录启始频率分析程序包PIFMaker,并基于以上分析

• 单位
  浙江大学