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摘要
苹果锈果类病毒apple scar skin viroid(ASSVd)引起苹果锈果病，是限制我国苹果生产的重要因素之一。然而，目前对ASSVd全球种群的组成及遗传变异仍缺乏足够的了解。为此，本研究对GenBank中登录的212条基因组序列进行了比较、变异分析以及系统发育分析。确认ASSVd的种群符合准种模式，由165种序列相似但不相同的变体组成。以来自我国苹果的MW315909和MW302328为代表的两种变体的数量最多，是主流变体。依据参考序列(NC001340)分析碱基变异，发现碱基变异偏好于某种碱基，并且偏好于基因组上的一些特定位点。变异不仅发生在基因组二级结构的左末端区、致病区、中央区，也发生在可变区和右末端区。值得指出的是，基因组上有4个区域极少发生变异，为保守区。其中的两个保守区(末端保守区和中央保守区)是已知的，而在可变区与右末端区交界处的两个保守区是新发现的，它们对ASSVd的复制和移动可能具有重要作用。这些结果不仅有助于掌握ASSVd的发生及流行，而且为研发RT-PCR/qPCR检测技术提供了参考，为研究ASSVd与寄主的相互作用提供了线索。
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