通用引物高通量测序扩增GⅡ.4 Sydney[P31]型诺如病毒基因组及进化分析

作者：朱曦; 王鹏飞; 闫玉晓; 章青; 李慧莹; 靳淼^*; 段招军

来源：中华实验和临床病毒学杂志, 2022, 36(01): 15-20.

• 诺如病毒
• 基因组
• 系统进化分析

目的分析2017至2020年我国诺如病毒流行株GⅡ.4 Sydney[P31]基因型的基因组以及变异情况。方法利用通用引物初步建立GⅡ组诺如病毒基因组扩增方法, 扩增GⅡ.4 Sydney[P31]株基因组, 并应用高通量测序技术对其基因组测序, 对GⅡ.4 Sydney[P31]株进行系统进化分析和关键位点分析。结果利用初步建立的GⅡ组基因组扩增方法, 8株GⅡ.4 Sydney[P31]株中, 6株扩增成功并获得基因组序列。通过系统进化分析表明, 本研究获得的自2017—2020年6株毒株和2015—2019年的GⅡ.4 Sydney[P31]参考株划为一簇, 2013年我国毒株GZ20 133 135株与2012—2014年GⅡ.4 Sydney[P31]参考株划为一簇。血型抗原受体结合位点(HBGAs)分析表明2014年以后的毒株在Site Ⅱ发生了氨基酸突变Asp372Asn。通过抗原表位分析, 2017年以后的毒株, 在A表位(297、372和373)、B表位(333)、E表位(414)和H表位(309、310)都发生了变化;2020年的毒株20HN261和20HN253株在A表位(368)和G表位(355)较之前的毒株出现了新变化。结论本研究确定了我国流行株GⅡ.4 Sydney[P31]基因组关键位点变异情况, 跟踪新毒株的出现提供了科学依据, 为针对我国流行株疫苗研发设计提供了基础数据。

• 单位
  中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所; 兰州大学; 第一临床医学院