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摘要
目的目前关于食管癌组织中微型染色质维持蛋白(MCMs)家族成员的表达情况及作用机制尚不明确。文章通过生物信息工具分析微型染色质维持蛋白(MCMs)家族成员在食管癌中的表达情况以及对食管癌发生发展过程的影响,旨在发掘与探索MCMs在临床食管癌早期诊断和预防中的价值。方法利用生信数据库分析MCMs家族基因在食管癌患者中的表达情况,同时进行食管癌患者MCMs家族基因间的共表达分析;利用人类蛋白图谱分析MCMs在食管粘膜组织中的蛋白表达情况;利用cBioPortal在线工具分析食管癌患者MCMs家族基因的突变情况并找到其共表达基因;利用STRING软件构建MCMs家族与其相邻基因的蛋白质相互作用模型,最后进行基因本体功能(GO)以及京都基因与基因百科全书(KEGG)信号通路的富集分析。结果在Su和Hu数据集的食管鳞状细胞癌子集中表达增高,增高的倍数分别为2.717,4.186。MCM3在Hu的数据集的食管鳞状细胞癌数据子集中表达增高,增高倍数为2.159。MCM4在Hu和Su数据集的食管鳞癌数据子集中表达增高,增高倍数为2.292,2.554。MCM5在Su和Hu数据集的食管鳞癌子集中表达增高,增高倍数分别为2.354,2.419。MCMs家族成员在食管癌中的共表达情况分析表明MCMs各家族成员的表达在食管癌组织中具有相关性(P<0.05,R>0.4)。人类蛋白图谱的正常食管粘膜组织MCMs家族蛋白均呈现低表达现象,与生信数据库的结果相一致。该家族基因表达预后分析仅MCM4,MCM6与食管癌患者预后具有相关性。MCMs家族成员在食管癌患者中的基因改变形式主要包括扩增,突变和多重基因改变3种。GO分析结果表明,MCMs家族及其相邻基因的功能主要聚集在DNA的复制过程,MCMs复合体结构组成和DNA复制源的结合等多个方面。KEGG信号通路分析结果显示MCMs家族及其相邻基因主要聚集在DNA复制,细胞周期,错配修复和核酸切除修复等4个关键通路。结论 MCMs家族成员在食管癌患者中呈现高表达现象,MCM4,MCM6的表达情况与食管癌患者预后相关,其改变可能参与DNA复制,MCMs复合体组成及细胞周期等生物过程从而影响食管癌进展。
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单位南京市第二医院; 常州市第二人民医院; 南京中医药大学
