新型冠状病毒相关TMPRSS2蛋白结构特征和抗原表位分析

作者：戴姿薇; 唐标^*

来源：微生物学杂志, 2021, 41(01): 58-68.

• 新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)
• 跨膜蛋白酶丝氨酸2(transmembrane protease serine 2,TMPRSS2)
• 生物信息学
• 序列分析
• 抗原表位筛选

采用生物信息学方法分析预测新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)跨膜蛋白酶丝氨酸2(transmembrane protease serine 2, TMPRSS2)的理化特性、结构特征和抗原表位,为抗SARS-CoV-2药物研发提供参考。利用ProtParam、ProtScale分析预测TMPRSS2蛋白酶的理化特性;利用COILS Server、SignalP、TMPred、TargetP Server、NetPhos Server、NetNGlyc Server服务器对TMPRSS2蛋白酶结构进行功能结构的分析预测;利用SOPMA、Pfam、SWISS-MODEL分析预测TMPRSS2蛋白酶高级结构;利用IEBD分析预测TMPRSS2蛋白酶B细胞、T细胞表位。TMPRSS2蛋白酶氨基酸组成数为492个,其中丝氨酸占比最高;亲水性较高,含10个跨膜螺旋区;具有4个磷酸化位点,3个糖基化修饰点;二级结构中无规则卷曲占据主导地位,三级结构能与已知的5ce.1.1.A(SMTL ID)模型同源建模;存在13个潜在的B细胞表位,12个得分较高的T细胞表位。

• 单位
  湖南中医药大学