宏基因组测序在腹泻暴发调查中的应用

作者：崔志刚; 遇晓杰; 赵嘉咏; 张剑峰; 周海健; 李臻鹏; 阚飙; 卢昕^*

来源：疾病监测, 2021, 36(06): 616-621.

• 宏基因组测序
• 腹泻
• 暴发

目的评价宏基因组测序技术在腹泻暴发中的潜在应用价值。方法收集2017年报告的2例聚集性腹泻暴发事件的样品,针对样品进行多重荧光PCR检测;同时,应用宏基因组测序技术对样品进行测序,基于测序数据分析暴发事件的病原体。结果案例1采用多重荧光PCR检测,仅检测到副溶血弧菌;而采用宏基因组测序技术除检测到副溶血弧菌外,还检测到更高丰度的沙门菌。案例2采用多重荧光PCR未检测到病原体的样品,采用宏基因组测序技术检测到了志贺菌。结论宏基因组测序不需先验知识进行预判,可以避免引入误判,更有利于发现混合感染,而且在保证足够测序深度的情况下,可以获得比荧光PCR法更高的检测灵敏度。

• 单位
  中国疾病预防控制中心传染病预防控制所; 传染病预防控制国家重点实验室; 黑龙江省疾病控制中心; 河南省疾病预防控制中心