‘京红久’忍冬叶绿体基因组微卫星序列特征分析

作者：张加强; 史小华; 刘慧春; 许雯婷; 周江华; 朱开元^*

来源：分子植物育种, 2023, 21(06): 1955-1966.

DOI：10.13271/j.mpb.021.001955

• ‘京红久’忍冬
• 叶绿体基因组
• 微卫星
• 分布特征

‘京红久’忍冬(Lonicera×heckrottii’Gold Flame’)是一种极具观赏价值的优良藤本，被誉为“最帅的攀援植物”。本研究利用前期测定的‘京红久’忍冬叶绿体基因组序列结果，应用生物信息学软件对其微卫星的分布特征进行了全面分析。结果发现：‘京红久’忍冬叶绿体基因组共有168个微卫星位点，相对丰度和相对密度分别为1 080.82 loci/Mb和10 280.69 loci/Mb，主要分布于大单拷贝区(large single copy regions, LSC)。在微卫星的碱基组成中，以单碱基微卫星为主(占总数的63.10%)，其次是三碱基微卫星(占总数的29.17%)，二碱基微卫星的数量最少(占总数的2.98%)，未检测到五碱基重复序列和六碱基重复序列。同时，以A/T重复为主，占单碱基微卫星的61.90%。在微卫星重复次数中，单碱基微卫星位点序列的重复次数集中在8～17之间，三碱基微卫星的重复次数分布在4～5之间。相关性分析结果表明，微卫星重复序列的数量与长度、相对丰度和相对密度呈极显著正相关。不同物种的叶绿体基因组微卫星重复类型相差较大。本研究结果为‘京红久’忍冬的物种鉴定、系统分类、微卫星标记的开发以及引物筛选提供了理论依据。