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摘要
目的利用不同方法对人肾小球RNA测序数据均一化效果进行了研究,寻找一种能更好地均一化处理数据的方法。方法选取肾癌手术患者的癌旁组织,利用筛网技术提取肾小球。采用Trizol方法提取肾小球RNA,利用Ion Xpress平台进行测序。利用DESEQ2软件中的rlog和median/ratio方法对测序数据结果进行均一化。采用R package软件中的PCA进行数据分析,Pheatmap和GGPLOT2程序进行绘图。结果 Ion Xpress推荐的常规rlog方法不能很好的将数据均一化,Deseq2软件的median/ratio具有较好的数据均一化作用。通过选取8个看家基因进行了聚类分析,发现看家基因在kmeans的三个分类中未显示明显的差别,证明了数据均一化结果的可靠性。结论 Deseq2软件的median/ratio方法能够用于肾小球的RNA测序结果的数据处理,具有较好的数据均一化作用。
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单位中国人民解放军总医院; 肾脏疾病国家重点实验室; 国家慢性肾病临床医学研究中心
