基于已知疾病基因构建共表达网络识别胃癌进展及预后相关非编码基因

作者：马清珠; 季昆; 王焱^*

来源：生物信息学, 2023, 21(03): 226-232.

• 胃癌
• miRNA
• lncRNA
• 共表达网络
• 预后

本研究旨在总结整理已有胃癌研究的基础上，进一步挖掘出非编码基因在胃癌的进展及预后中起的关键作用。通过胃癌患者编码及非编码基因的表达数据，结合已知胃癌致病基因，进行编码基因与非编码基因的共表达计算，识别出由miRNA介导的并且与已知胃癌基因互作的lncRNA,挖掘出三者(mRNA-miRNA-lncRNA)相互作用的模块，进而对模块进行筛选，并对疾病相关的显著模块的基因进行生存分析。除已知的胃癌相关基因外，研究也使用了差异表达的胃癌基因，这些基因显著的富集在细胞增殖、细胞粘附、肌肉收缩、血管重塑、细胞分裂、染色体分离等生物过程，这些生物过程都与胃的基础功能及胃癌发生发展密切相关。分值最高的三元组模块内核心基因BGN在胃癌患者中显著高表达，而且和胃癌患者的预后显著相关；同时也发现该模块内的miRNA has-miRNA-153-5p和has-miRNA-5001-5p均为已证实的胃癌相关基因；模块内的mRNA和miRNA的表达异常可能是由于与他们显著相关的lncRNA的表达异常导致的。本研究为胃癌已知致病基因的表达异常研究找到了新突破口，潜在的胃癌相关的非编码基因的发现为胃癌预防与治疗提供了新的靶点，为未来的临床应用提供了依据。

• 单位
  聊城市人民医院